箱庭学园一年级的少女黑神目泷，是一名十全十美的一年级生，于第98代学生会长选举中以压倒性的98\%支持度胜出。她根据选举公约设置了“目标箱”，并招揽了青梅竹马人吉善吉和其他特别的朋友为成员，一起解决学生的问题……